Das Wilhelmiterkloster wurde im Jahre 1282 im schlichten, mittelalterlichen Bau an der Westecke der Mengener Stadtmauer von den Wilhelmitern gegründet.

Es bestand aus zwei einfachen Klosterbauten und einer Kirche im romanischen Stil.

1725 wurde das Kloster von den Benediktinern von St. Blasien aufgekauft und zehn Jahre später wurde ein neues Wirtschaftsgebäude (heutige Förder- und Musikschule) angebaut. Weitere fünf Jahre später, im Jahre 1740 wurde das Benediktinersubpriorat Mengens an das Benediktinerkloster Petershausen bei Konstanz verkauft.

Es folgt eine Planungsphase für ein neues Klostergebäude samt Kirche mit einem zunächst unbekannten Meister und dem Maurermeister Joseph Gasser, jedoch wird an dessen Stelle der prominente Barockbaumeister Peter Thumb von Abt Alphons Strobel für diesen Bau beauftragt. Nach drei Vorentwürfen stellt dieser dann den endgültigen Bauplan fertig. Zwischen 1741 und 1744 wird das neue Gebäude mit der Kirche von Peter Thumb, noch vor der berühmten Klosterkirche Birnau, gebaut.

Im Jahre 1744 findet dann die Einweihung der Kirche statt.

1809, drei Jahre nachdem Württemberg das Kloster aufhob, brennt diese jedoch bei einem großen Brand wieder ab.

Trotz allem sind bis heute noch zwei Flügel des Klosters vorhanden: der heutige Altbau des Gymnasiums und die Förderschule.